Sekretariat mempunyai tugas pokok menyelenggarakan pengelolaan dan pelayanan administrasi kepegawaian, keuangan, umum dan perlengkapan. Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud, sekretariat menyelenggarakan fungsi:

1. Penyusunan perencanaan, pemantauan, evaluasi, data, pelaporan program dan anggaran, pengembangan sumber daya manusia aparatur badan pengelola pajak dan retribusi daera
2. Pelaksana anggaran, perbendaharaan keuangan dan pendapatan, serta pelaporan keuangan dan aset
3. Pengelolaan ketatahusaan, rumah tangga, keamanan dalam, perlengkapan, pengelolaan aset, dan dokumentasi
4. Pengelolaan administrasi kepegawaian dan pembinaan jabatan fungsional, serta evaluasi kinerja aparatur sipil negara
5. Pelaksanaan koordinasi penyusunan program dan anggaran
6. Pelaksanaan koordinasi penyelenggaraan tugas-tugas bidang
7. Melaksanakan tugas lain yang diberikan oleh kepala badan sesuai tugas dan fungsinya